Konzeption und Integration eines OMERO-Servers zur Verwaltung und Bereitstellung von Mikroskop-Bilddaten

Status: abgeschlossen
Betreuer: Horst Hellbrück
Student: Julia Klingner

Themengebiet

In der Stammzellenforschung von Organismen undn Organgen stellen IT-Systeme ein wichtiges Werkzeug dar. Um verschiedene Eigenschaften von Zellen zu beobachten und zu erforschen, werden diese u.a. mithilfe von Timelapse-Aufnahmen unter dem Mikroskop in einer Petrischale beobachtet. Die Timelapse-Aufnahmen können bis zu mehreren Tagen andauern, da sich die Zellen sehr langsam bewegen und vermehren. Es werden acht verschiedene OPositionen in der Petrischale mit einem Mikroskop angefahren, in denen mit zwei verschiedenen Kontrasten sechs Bilder pro Stundeüber einen Zeitraum von 48 Stunden aufgenommen werden. Das Resultat ist ein Bildstapel, der aus 4608 Bildern besteht und eine durchschnittliche Dateigröße von 3 Gigabyte hat. Das Labornetz soll mit Hilfe eines Softwareprodukts OMERO an die restliche Infrastruktur angschlossen werden.

Details

Aus dieser Aufgabenstellung ergeben sich folgende Teilaufgaben:

  • Analye der aktuellen Zustand der Labornetzes sowie dien Bestandsaufnahme der vorhandenen Computer und Netzwerkkomonenten.
  • Planung des Labornetzes mit dme OMERO-Server als Schnittstelle zum Firmennetz.
  • Umsetzung inkl. Nachrüstung von Hardware und Software auf Server und PC's
  • Installation und Konfiguration des OMERO-Servers
  • Integration des Servers in die Fraunhofer EMB Infrastruktur und ANbindung des Labornetzes.
  • Evaluation der neuen OMERO-Lösung im Vergleich mit der bisher eingesetzten Lösung für Timelapse-Aufnahmen:
    • Vergleich der Arbeitsprozesse
    • Untersuchung von Schwachstellen und Hindernisse bei der Benutzung des neuen Systems
    • Notwendige Hilfestellungen für Benutzen

Aufgaben

  • Schriftliche Ausarbeitung, die den Fokus auf Bewertungskrieterien für Entscheidungen und die Evaluation legt.
  • Netzplan des Labornetzes
  • Installationsanleitung
  • Benutzerhandbuch